В Финансовом университете создана собственная система оценки качества. Основным направлением в области качества образования является создание и развитие механизмов обеспечения гарантии качества подготовки выпускников в соответствии с требованиями федеральных государственных образовательных стандартов.

75% образовательных программ бакалавриата и магистратуры имеют знаки качества внешней независимой оценки-международной и профессионально-общественной аккредитации. Все образовательные программы спроектированы и реализуются совместно с партнерами-работодателями.

С 2021 года в Финансовом университете реализуется система "2+2". После двух лет у студентов сформированы универсальные компетенции, которые отражают запросы личности и общества в целом к общекультурным и социально-личностным качествам выпускника, сформированы базовые профессиональные знания, расширяющие кругозор, подходящих для всех профилей. Последующие два года предназначены для более глубокого изучения профильных дисциплин, связанных непосредственно с выбранной профессиональной траекторией. 

Финансовый университет входит в число ведущих вузов, которые имеют право разрабатывать собственные образовательные стандарты. Всего разработано, актуализировано и утверждено 13 собственных образовательных стандартов бакалавриата и 14 собственных стандартов магистратуры, требования к программам подготовки научных и научно-педагогических кадров в аспирантуре Финансового университета. Все образовательные программы реализуется по собственным образовательным стандартам.